Résumé d’un article de Olimi et al. paru en novembre 2022 dans la revue Frontiers in Soil Science, Volume 2. DOI:10.3389/fsoil.2022.1020869.
Titre original : Deciphering the microbial composition of biodynamic preparations and their effects on the apple rhizosphere microbiome.
Résumé
Les communautés microbiennes du sol sont essentielles à la croissance des plantes. Pourtant, elles sont déjà affaiblies par les activités anthropiques. L’implantation de micro-organismes représente une manière de restaurer les caractéristiques bénéfiques du sol, mais les connaissances sur le microbiote des inoculats traditionnellement utilisés en agriculture biodynamique sont limitées. Dans cette étude, nous avons utilisé le séquençage d’amplicons et la PCR quantitative pour décrire les communautés microbiennes de composts, de préparations biodynamiques (bouse de corne et préparations à base de plantes) provenant d’Autriche et de France. En outre, nous avons étudié l’effet d’extraits de fumier biodynamique et de compost sur le microbiome de la rhizosphère des pommiers. L’abondance, la composition et la diversité du microbiote de la bouse de corne, des préparations biodynamiques à base de plantes et des composts étaient clairement distinctes. Les abondances microbiennes variaient entre 1010-1011 (gènes ARNr 16S bactériens) et 109-1011 (gènes ITS fongiques). La diversité bactérienne était significativement plus élevée dans la bouse de corne biodynamique que dans les composts, sans différences notables en termes d’abondance. La diversité fongique n’était pas significativement différente alors que l’abondance était accrue dans les différentes formes de bouse de corne. Les communautés microbiennes des bouses de cornes analysées et des préparations biodynamiques végétales étaient spécifiques à chaque site de production, mais toutes contiennent des genres bactériens potentiellement bénéfiques pour les plantes. Lorsqu’elles ont été appliquées dans des vergers de pommiers, les préparations biodynamiques (extraits) ont eu pour effet non significatif de réduire l’abondance bactérienne et fongique dans la rhizosphère des pommiers (4 mois après l’application), tout en augmentant la diversité fongique et en diminuant la diversité bactérienne (indice de Shannon). Un à quatre mois après l’inoculation, on observe une abondance différenciée des différents taxons. Nous avons constaté la réduction des champignons pathogènes Alternaria, ainsi que le développement de genres bactériens potentiellement bénéfiques tels que Pseudomonas. Notre étude ouvre la voie à une évaluation scientifique des préparations biodynamiques développées empiriquement et adaptées à différentes pratiques agricoles afin de restaurer la vitalité des sols agricoles.